San Francisco de Asis
Dice la leyenda que San Francisco de Asis, yendo de peregrino a Santiago de Compostela, paró en Madrid y vivió en una choza donde está ahora la basílica. Esto fue en el año 1217. Después el santo construiría una pequeña ermita. Esta zona correspondía entonces a las afueras de la ciudad medieval.
Cuando la corte se estableció en Madrid, la iglesia fue usada para muchas ceremonias oficiales.
Una cúpula problemática
El rey Carlos III admiraba a San Francisco y decidió que la iglesia dedicada al santo debía ser más impresionante. El convento fue demolido y se construyó una nueva iglesia con una gran cúpula. Con 33m de diámetro es una de las más grandes del mundo. Fue construída siguiendo el diseño del panteón de Roma y de la iglesia del Santo Sepulcro en Jerusalén. El hermano Francisco Cabezas diseño la nueva cúpula con un proyecto completamente innovador para su época.
Otro arquitecto, Ventura Rodríguez, estaba más que enfadado porque su proyecto no había sido elegido. Como miembro de la Academia puso todos los impedimientos a su disposición para evitar que el diseño del hermano Cabezas llegara a buen término. Finalmente el hermano tuvo que ceder y se fue a Valencia, donde murió en 1763. Diferentes arquitectos se vieron entonces 
involucrados en el diseño, pero ninguno fue capaz de construir la cúpula. Finalmente Carlos III pidió a Sabatini que terminara la iglesia.
La iglesia se edifició en 1784, pero la decoración data del 1884. La iglesia está dedicada a Nuestra Señora de los Ángeles.
Una basílica de quita y pon
Durante la Guerra de la Independencia, las tropas del general Murat vivieron en la iglesia tras haber expulsado a los monjes. En 1812 se convirtió en hospital. Después de la guerra, los franciscanos volvieron al convento hasta la época de la desamortización de Mendizábal. Fueron otra vez expulsados y la iglesia cerrada.
El convento se convirtió en cuartel general de la infantería y la iglesia se volvió a abrir.
En 1869 el gobierno quiso que fuera un mausoleo nacional y muchos personajes importantes de la historia de España fueron enterrados en la iglesia. Pero unos años más tarde, lai dea fue abandonada y los restos volvieron a sus tumbas de orígen.
En 1926 Alfonso XIII devolvió el templo a los franciscanos.
En 1965 se le fue dado el título de basílica menor.
El edificio fue restaurado y modificado parcialmente. La última de estas restauraciones tuvo lugar en el año 2001.
En la parte interior tiene siete capillas, donde puede contemplarse pinturas de Bayeu, Zurbarán y Goya.
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